Quando um ameaçador tornado que se dirige na direcção da cidade, Clark está à beira de estabelecer o seu primeiro contacto com o sítio de onde foi enviado, quando a peça que faltava da nave é descoberta e lhe dá vida. Entretanto, Lex fica furioso com o pai depois deste lhe ter fechado a fábrica e ordena que este volte para Metropolis; enquanto que o repórter corrupto que Lex contratou para espiar em Clark descobre os poderes sobre-naturais deste e a nave escondida na cave.
Lana e Clark correm contra o tempo para encontrar Chloe, que foi raptada depois de uma explosão de Kriptonite dar a Lana a possibilidade de “ver” através dos olhos do raptor, e vê Chloe ser enterrada viva. Entretanto, Lex descobre uma prova de que uma nave espacial aterrou em Smallville durante a chuva de meteoritos.
Clark enfrenta uma inesperada situação quando um dotado aluno de arte (Adam Brody) regressa à escola depois de um acidente lhe ter “roubado” a acção das suas mãos, mas lhe ter dado o dom de telekinesis, que lhe permite mover os objectos apenas com a sua mente, e está à procura de vingança contra aqueles que pensa serem responsáveis. Entretanto, Lana fica ciumenta depois de ver Clark e Chloe, e começa, assim, a pôr em questão a sua relação com Whitney, cujo pai morre inesperadamente.
Clark vê na eleição para presidente uma oportunidade para ser um “rapaz normal”, mas quando os seus adversários estão a ser constantemente atacados por um enxame de abelhas, Clark suspeita que um candidato está a tentar eliminar os adversários um por um, e ele é o próximo da lista…
Clark tem de deter um jovem infectado com Kriptonite (Reynaldo Rosales) que procura aliviar o sofrimento dos mais idosos e doentes ao torna-los em cinzas, e o debilitado pai de Whitney parece ser a sua próxima vítima… Entretanto, Lex fica furioso depois do pai mandar alguém inspeccionar os papéis relacionados com a empresa, que revela à família Kent a investigação secreta de Lex acerca de Clark.
Depois de Martha atropelar acidentalmente um jovem rapaz, a família Kent acolhe-o até se descobrir a localização exacta dos seus pais. Desconhecendo o facto do jovem poder ler os pensamentos de todos eles, e até descobrir os mais íntimos segredos de Lex, Lana, Jonathan e Martha, estes põem em risco o segredo de Clark. Entretanto, Lex tem de decidir se quer aceitar o convite de emprego do pai e mudar-se de volta para a sua antiga vida em Metropolis.
Clark tem de resolver o enigma da misteriosa flor “Nicodemus” e o misterioso envolvimento de Lex, depois desta infectar alguns residentes de Smallville ao remover as suas inibições – Jonathan torna-se um autêntico inútil, Lana atira-se completamente a Clark, enquanto que Pete tenta matar Lex - e depois os põem num estado de coma mortal.